Переименуйте стандартный логотип расположенный по адресу public_html/yourwiki/lib/tpl/dokuwiki/images/
 из logo.png в другое имя (например в logo_old.png). Загрузите в эту директорию свой логотип с именем logo.png

В случае замены логотипа в теме Monobook необходимо просто загрузить ваш файл с именем logo.png в директорию public_html/yourwiki/lib/tpl/monobook/user/