テンプレートを書いたりカスタマイズする場合、ページのヘッダー内に <link> タグを追加する必要はありません。
ページに独自の CSS を追加するには、テンプレートディレクトリ内 style.ini ファイルを注目すべきです。
通常は、style.ini ファイルの [stylesheets] セクションに myVeryOwn.css = screen のような行を追加する必要があります。
可能です。
しかし、この行を置く場所と方法に応じて、問題が起きるかもしれません。
ini ファイルを使って自分の CSS を追加する場合、Dokuwiki はその CSS を取り込み、CSS 内でパスを解決します。
つまり、CSS にフルパスを手動で追加する必要はありません。
例えば、テンプレートのディレクトリにある logo.gif を追加したい場合、単に url(logo.gif) と記述するだけで他のパスは気にしないで下さい。
この方法の他の利点は、より高速ページの読み込みを行うために CSS が圧縮されているのでより高速にページを読み込めること、 パターン置換機能の恩恵を受けることができることです。
<header> セクションに <?php tpl_metaheaders(); ?> を置くのを忘れたということです。