La configuration requise ne mentionne pas quel système d'exploitation est supposé tournée sur le serveur. Puis-je seulement faire fonctionner DokuWiki sur GNU/Linux?

Non, il n'a besoin que d'un serveur web et de PHP. Quel que soit le système d'exploitation qui les supporte, c'est généralement très bien. Veuillez consulter les instructions spécifiques à chaque distribution/Système d'exploitation dans la variété des possibles. (La liste n'est pas exhaustive. Si votre système d'exploitation n'y est pas listé, il pourrait bien exécuter DokuWiki de toute façon.)