DokuWiki のデフォルトのディレクトリ配置は以下のようになっています。設定によって場所を変えることができるディレクトリもあります。

• dokuwiki – DokuWiki のルートディレクトリです。恐らくあなたは既にリネームしていると思います。
  • .git – Git のメタデータが格納されています。このディレクトリは Git を利用している場合のみ存在します。
  • _test – ユニットテスト用のファイルが格納されています。このディレクトリも Darcs を利用している場合のみ存在します。
  • bin – コマンドラインツールが格納されています。
  • conf – 設定ファイルが格納されています。
  • data – DokuWiki で作成するデータはすべてここに格納されます (設定項目: savedir もご覧ください)。変更履歴もここに格納されます。
    • attic – 文書の以前のリビジョンが格納されます。名前空間のディレクトリを含みます。
    • cache – DokuWiki の高速化のために使用されるキャッシュファイルが格納されます。キャッシュファイルは MD5 ハッシュ値のファイル名を持ち、ファイル名の最初の 1 文字を元に 0-9 と a-f の 16 個のディレクトリの中に分散して格納されます。
    • index – 全文検索インデックスファイルが格納されます (全文検索インデックスもご覧ください)。
    • locks – 一時的なロックのために利用されます (ページのロック以外にも利用されます)。
    • media – すべてのメディアファイル (画像ファイルなど) が格納されます。名前空間のディレクトリを含みます。
    • meta – 文書のメタデータが格納されます。名前空間のディレクトリを含みます。
    • pages – 生の文書データが格納されます。名前空間のディレクトリを含みます。
    • tmp – XML-RPC を用いたファイルアップロード時などに利用されます。
  • inc – PHP のライブラリが格納されています。 – DokuWiki のコアです。
    • auth – 認証バックエンド関係のライブラリが格納されています。
    • geshi – GeShi による構文ハイライトための言語定義ファイルが格納されています。
    • lang – DokuWiki の多言語対応のための翻訳ファイルが格納されています。
    • magpie – Magpie という RSS パーサのためのディレクトリです (現在のバージョンでは削除されています)。
    • parser – DokuWiki のパーサが格納されています。
  • lib – Web ブラウザからアクセスされるファイル群が格納されています。
    • exe – AJAX で外部からアクセスされる PHP ファイルが格納されています。
    • images – 画像ファイルが格納されています。
      • interwiki – InterWiki 用のアイコンが格納されています。
      • smileys – スマイリー用のアイコンが格納されています。
      • toolbar – ツールバー用のアイコンが格納されています。
    • plugins – プラグインが格納されています。新規に追加するプラグインはここに格納します。
      • acl – アクセスコントロール管理用のプラグインです。
      • config – サイト設定用のプラグインです。
      • info – Info プラグインです。
      • plugin – プラグイン管理用のプラグインです。
      • revert – 復元管理用のプラグインです。
      • usermanager – ユーザー管理用のプラグインです。
    • scripts – JavaScript ファイルが格納されています。
    • styles – スタイルシートファイルが格納されています。
    • tpl – テンプレートが格納されています。新規に追加するテンプレートはここに格納します。
      • default – デフォルトのテンプレートです。